Japón, siglo XVIII. Los sogunes Tokugawa gobiernan el país, que se ha aislado del resto del mundo. La causa: una epidemia que se ceba con la población masculina. Ahora, los escasos varones son criados entre algodones mientras las mujeres realizan las labores más arduas, del campo al gobierno. Solo la sogún posee en su castillo un harén de hombres traídos de todo el país. Ese lugar es el Ôoku, los Aposentos Privados.
Es allí donde Tanuma Okitsugu, principal consejera de la sogún, reúne a un grupo de estudiosos para que investiguen una cura para la enfermedad. Sin embargo, justo cuando su trabajo empieza a dar frutos, Okitsugu cae destituida y sus colaboradores son ejecutados o desterrados del castillo. Llega la era de Ienari, primer sogún hombre en 150 años y marioneta de su despiadada madre. Pero, a pesar del paso de los años, Ienari no ha olvidado a Aonuma, el doctor que lo vacunó de la viruela rostrograna cuando era niño.
